Когда у множества родственных между собою форм какой-то признак находится в одном и том же состоянии, следовало бы признать его происхождение не от многих, а от одного общего предка. Так, у всех плацентарных млекопитающих наблюдаются одни и те же важнейшие особенности размножения, включая сложную систему эндокринной регуляции и множество сходных особенностей плаценты. Поскольку все это характерно для всех современных отрядов млекопитающих, вполне вероятно, что данные особенности возникли в общей предковой группе, а не самостоятельно в каждом из отрядов.
Примерно та же логика рассуждения применима при обосновании гомологии элементов, известных у ископаемых организмов, непосредственные предки которых не установлены. Паттерсон (Patterson, 1982) придал этому способу аргументации более общее содержание, доказывая, что любые родственные отношения, установленные на основе других критериев, можно использовать для выявления гомологии конкретных признаков. Если монофилия группы отражает наличие общего предка, то все присущие ей признаки скорее всего будут гомологичными. Однако при установлении гомологии гораздо важнее данные, полученные на ископаемом материале, поскольку подход Паттерсона не дает никакой конкретной информации, относящейся к признакам той или иной группы.
Принцип экономии
Если не считать методов, использующих особенности развития и палеонтологический материал, все остальные способы установления гомологии основаны на принципе экономии, поскольку логичнее принять гипотезу, основанную на небольшом количестве процессов, нежели такую, которая подразумевала бы множество независимо происходящих событий. Кладисты широко применяли данный принцип, выбирая один из возможных вариантов родства по числу общих производных признаков. Вообще говоря, этот подход достаточно логичен и в каком-то смысле лежит в основе научного мышления как такового. Однако встает вопрос, насколько он применим для изучения филогении. В филогенетическом анализе использование принципа экономии основано на предположении, что большинство признаков возникло однократно, а конвергенция-явление редкое.