Множество остатков животных морских окраин находят в приливно-отливной зоне, но они, как правило, разрушены работой волн.
Ископаемые остатки пресноводных организмов попадаются реже хотя бы потому, что на протяжении геологической истории пресные водоемы занимали куда меньшую площадь и накапливали осадки далеко не так долго, как моря. Однако, несмотря на это, в крупных озерных системах порой обнаруживается богатая ископаемая фауна, отражающая особенности очень коротких (с точки зрения палеонтолога) промежутков времени на обширных территориях.
Во многих местах сохранилась «каменноугольная» фауна верхнекарбоновых болот. (При этом следует помнить, что площадь добычи топлива ничтожно мала по сравнению с миллионами квадратных километров угольных отложений!) Хук и Ферм (Hook, Ferm, 1985) предложили модель особых условий, обеспечивающих сохранение остатков позвоночных в каменноугольных болотах. Эти авторы полагают, что к обилию таких форм в Линтоне (Огайо) привело наличие восстановительных анаэробных условий в глубоких речных старицах, где скапливались споры и разложившиеся растительные остатки. В большинстве мезозойских отложений фауна каменноугольных болот отсутствует.
Крупные речные системы, особенно их дельты по берегам крупных озер или океанов, представляют собой богатейший источник ископаемых животных водных и полуводных сред. Примером таких отложений могут служить знаменитые нижнепермские красноцветные слои на севере центральной части Техаса.
Множество ископаемых форм сохраняется в пойменных осадках крупных рек. В Южной Африке отложения подобных биотопов датируются интервалом от верхней перми до конца триаса. В них захоронена великолепная фауна зверообразных рептилий, демонстрирующая эволюционный переход между пресмыкающимися и млекопитающими. Примерно в таких же условиях сохранился и обширный комплекс кайнозойских млекопитающих запада Северной Америки.
По мере удаления от основных районов осадко- накопления полнота палеонтологической летописи резко снижается.