Предплюсна нормального крокодилового типа, выпуклая латеральная поверхность таранной кости заходит в углубление пяточной. Пятый палец редуцирован, и проксимальный конец пятой метатарсалии не сохраняет примитивной крючковидной конфигурации. Лобковые кости длинные и, повидимому, не участвуют в образовании вертлужной впадины. Однако коракоиды короткие. К сожалению, запястье и кисть неизвестны. Как и у большинства текодонтов, предглазничное окно крупное и окружено обширным углублением.
Строение щечной области убедительно свидетельствует о родстве с крокодилами. Дорсальный конец квадратной кости загнут вперед, и над ним нависает широкий край чешуйчатой кости. В отличие от типичных текодонтов последняя не простирается вентрально вдоль квадратной кости. Теменные кости сзади сливаются, пинеальное отверстие отсутствует. Крыловидные кости встречаются друг с другом по средней линии в задней части неба. Ромер полагал, что они прирастали к черепной коробке, но на имеющемся материале продемонстрировать это невозможно. Передняя часть неба неизвестна, поэтому говорить о формировании вторичного неба нет оснований.
Дермальный панцирь располагается вдоль всей длины позвоночного столба. На один сегмент приходятся примерно две его пластинки. Элементы двух рядов зубчато соединены по средней линии. Шейные ребра очень похожи на таковые у современных крокодилов: у них две отчетливо разделенные головки и короткий, направленный назад стержень, перекрытый спереди концом предшествующего ребра. Шейных позвонков семь, следующий за ними несет ребра промежуточного строения.
Несмотря на ряд сходных с крокодилами признаков в строении черепа, большинство особенностей скелета связывает Gracilisuchus с текодонтами. Однако его нельзя отнести ни к одному из известных семейств этой группы. Отсутствие скулового отростка перед глазницей — более примитивная черта по сравнению с орнитозухидами, рауизухидами и даже нижетриасовым родом Euparkeria. Возможно, Gracilisuchus представляет собой отдельную линию, ди вергировавшую вблизи основания текодонтового ствола выше уровня протерозухид и отличную от эритрозухид, этозавров и фитозавров.