Пропорции несущего пальца крыла указывают на то, что его удлинение в ходе эволюции происходило последовательно от дистальных к проксимальным элементам.
Тем не менее уже все триасовые птерозавры высоко специализированы для полета и очень сходны по большинству признаков с более поздними рамфо ринхоидами. Они не дают существенной информации о своем конкретном происхождении и никаких данных по ранним стадиям становления полета. Наличие предглазничного отверстия длительное время использовалось для обоснования их родственных связей с архозаврами. Строение и возможное положение задних конечностей предполагает близкое родство с лагозухидами и непосредственными предками двух отрядов динозавров. В своем описании древнейших известных птерозавров Вильд (Wild, 1978, 1984 а) высказывается в пользу их родства с эозухиями. Относительно немногие черты сходства между этими группами — прежде всего примитивные признаки, не противоречащие существованию родственных связей с архозаврами. Основной аргумент Вильда заключается в том, что между появлением относительно продвинутых текодонтов в среднем триасе и птерозавров в позднем триасе прошло слишком мало времени для возникновения полета. Ранние птерозавры, бесспорно, гораздо более продвинуты по многим скелетным признакам, чем позд нетриасовые динозавры. С другой стороны, для эволюции от текодонтов лагозухидового уровня до ранних птерозавров могло оставаться 10—20 млн. лет, что сравнимо со сроком, понадобившимся для появления летучих мышей (см. гл. 20).
Падиан (Padian, 1984) приводит многочисленные производные признаки скелета, особенно черепа и задних конечностей, объединяющие птерозавров, лагозухид и динозавров, но отделяющие их от эозухий. Он делает вывод, что данных для решения вопроса о взаимоотношениях этих трех групп недостаточно. Один признак — сохранение крючковидной пятой метатарсалии — представляется более примитивным, чем уровень лагозухид и динозавров. Если это не новоприобретение ранних птерозавров, связанное с наличием крупного пятого пальца, его присутствие наводит на мысль об их дивергенции от текодонтового ствола раньше лагозухид и динозавров.