Когда археоптерикс был впервые описан, предполагалось его близкое родство с динозаврами, но дальнейшее изучение последних показало, что все они слишком специализированы и не подходят на роль непосредственных предков птиц. В своей имевшей большое влияние книге Хайльман (Heilmann, 1926) предполагал происхождение археоптерикса от 



Рис. 1613. Передние конечности птиц и тероподовых динозавров: А — голубь; Б—Archaeopteryx; В—Ornitholestes\ Г— Deinonychus (Ostrom, 1975а)

более примитивных архозавров — триасовых теко донтов. У примитивных текодонтов нет признаков, исключающих их из числа непосредственных предков одновременно динозавров и птиц, но ни для одного текодонта не доказано специфического родства именно с птицами. Все общие для этих двух групп признаки являются примитивными для архозавров в целом. Показано (Walker, 1972; Martin, Stewart, Whetstone, 1980; Martin, 1983) наличие ряда общих признаков для птиц и крокодилов, но нет никаких свидетельств их присутствия только у общего предка этих групп. Высокая степень специализации всего черепа ранних крокодилов снижает вероятность того, что сходство с птицами в отдельных чертах строения квадратной кости и среднего

уха — результат происхождения от непосредственного общего предка 1.
Остром (Ostrom, 1975) показал, что многие специализированные признаки скелета археоптерикса— общие у него только с мелкими тероподами и ни с какой больше группой архозавров. Речь идет о строении передних и задних конечностей, плечевого пояса и черепа. Наблюдается существенное общее сходство с Compsognathus, но этот род жил слишком поздно (современник археоптерикса) и был слишком специализированным по морфологии (число пальцев кисти редуцировано до двух). Никакие другие достаточно известные тероподы на роль предков археоптерикса не подходят.
Дивергенция линии, ведущей к нему от примитивных теропод, повидимому, произошла в течение позднего триаса или ранней юры. Более определенно ограничить время, в течение которого развивались уникальные летные адаптации этой группы, невозможно.