Палеоэкология тесно связана с экологией общей теоретической базой и некоторыми целями исследований. Однако методы и при¬емы работ во многом не совпадают. Наиболее существенная раз¬ница заключается в том, что экология изучает процессы, а палео¬экология — результаты процессов геологического прошлого. Осо¬бенности палеоэкологических исследований определяются прежде всего спецификой изучаемых объектов: геологических разрезов, окаменелостей и следов жизнедеятельности организмов. Анализ системы «организм — среда» в палеоэкологии возможен лишь после реконструкции палеоэкосистемы. Реконструкции никогда не бывают адекватны экосистемам прошлого, поскольку составляю¬щие части последних безвозвратно утрачены, причем обычно чем древнее исходная экосистема, тем менее полно она реконструи¬руется.
Отдельные компоненты экосистем, чрезвычайно важные для суждения о связях (например, звенья трофической цепи), нередко вообще не сохраняются в ископаемом состоянии. Так, наиболее полно представленные в геологических разрезах морские палео-
экосистемы сохраняют в среднем только третью часть таксономи¬ческого состава биоты, а костная составляющая экосистем не всегда позволяет судить даже о таких качественных абиотических факторах среды, как температура, соленость, рН, гидродинамика и др. Одна из наиболее сильных сторон экологии — возможность моделирования и математического анализа экосистем. Вместе с тем внедрение этих приемов в палеоэкологию тормозится из-за отсутствия общепринятых методов количественного учета окамене- лостей.
Палеоэкология, как и экология, требует комплексного подхода к изучаемому объекту. Необходимость получения разносторонней информации о факторах среды (абиотических и биотических) требует от палеоэкологии тесного контакта с биологическими и геологическими науками. Сведения о таксономическом составе палеобиоты поступают от палеозоологов и палеоботаников; дан¬ные о абиотическом факторе — от литологов, минералогов, геохи¬миков, биогеохимиков. Однако главными на всех стадиях палео¬экологического исследования являются палеоэколог и литолог (палеоседиментолог).