Термин «хемофоссилии» предпочтительнее упомянутых выше терминов, поскольку показывает не только химический уровень сохранности и распознаваемости ископаемого биологического ма¬териала, но и роль химических изменений исходных биомолекул.
Молекулярная палеонтология фиксирует «молекулярные остатки» в тех или иных геологических объектах. В современной палеонтологии молекулярные ископаемые, или хемофоссилии, рас¬сматриваются как одна из форм сохранности палеонтологических объектов, как следы жизнедеятельности организмов прошлых ге¬ологических эпох. В связи с этим молекулярную палеонтологию можно рассматривать не только как раздел палеобиохимии, изу-чающий преимущественно докембрийскую эволюцию, но и как раздел палеонтологии, анализирующий остатки организмов на молекулярном уровне в осадочных породах любого возраста (не только в докембрийских). До настоящего времени объем понятия «молекулярная палеонтология» еще не определился, о чем свиде¬тельствует статья Б. Раннегара «Molecular palaeontology», опуб¬ликованная в журнале «Palaeontology» в 1986 г. Б. Раннегар от¬нес к молекулярной палеонтологии такие палеобиохимические, по существу, направления исследований, как изучение органических молекул в остатках ископаемых организмов, биоминерализация, изучение филогении белков.
Вместе с тем уже достаточно ясно может быть выражена спе¬цифика молекулярной палеонтологии, связанная с рассмотрением молекулярных ископаемых как палеонтологического ма¬териала, несущего обычную палеонтологическую информацию (например, об организмах прошлого и палеобиоценозах, об ус¬ловиях накопления осадков и т. д.). Молекулярные ископаемые позволяют опознать на химическом уровне как метаболиты, так и молекулярные остатки различных организмов палеобиоценозов (от автотрофов до гетеротрофов-деструкторов), уцелевшие в про¬цессах биодеструкции и захоронившиеся в осадках. Поэтому можно считать, что в самом широком понимании молекулярная палеонтология изучает молекулярные следы жизнедеятельности организмов прошлых геологических эпох с целью суждения по мо¬лекулярным остаткам об эволюции живого вещества и биосферы.