Благоприятные для фоссили- зации биомолекул условия наступают при высокой обводнен¬ности в тех осадках, в которых благодаря жизнедеятельности прокариот-деструкторов создаются условия анаэробиоза, способ¬ствующие сохранению части биомолекул от биогенной деструк¬ции. Фоссилизация биомолекул в субаквальных осадках проис¬ходит в водных (пресноводных и морских) и некоторых назем¬ных (гидрофации болот) экосистемах. Геологическими процессами биомолекулы в осадках выводятся за пределы породивших их экосистем, включаясь в круговорот углерода в стратисфере.
Фоссилизация органического вещества осуществляется моле¬кулярными механизмами фоссилизации — совокупностью биохи¬мических, химических и коллоидно-сорбционных процессов, ко¬торые, обеспечивая ограничение биогенной деструкции, способ¬ствуют консервации захороняющихся биомолекул и их вовлечению в состав образующихся осадков [572].
Переход органического вещества в ископаемое состояние про¬исходит на двух уровнях — надмолекулярном (тафономическом) и молекулярном [285]. На тафономическом уровне в субакваль- ные осадки уходят морфологически различимые остатки организ¬мов, не разрушенных в силу своей биохимической устойчивости (например, захороненные споры, обрывки кутикул и пробковой ткани высших растений) или в результате прекращения деструк- ционных процессов при неблагоприятных условиях среды (на¬пример, остатки древесины и корней растений в торфах, остатки фито- и зоопланктона в осадках зон апвеллинга и зон сероводо¬родного заражения придонных вод). На молекулярном уровне в осадки переходят продукты распада некромы: во-первых, путем фоссилизации продуктов деструкции биополимера посредством геосинтеза (за счет включения в состав образующихся геополи-меров), во-вторых, путем фоссилизации других низкомолекуляр¬ных биомолекул, в основном бывших вторичных метаболитов, с сохранением величины молекул (в виде индивидуальных хемо- фоссилий — неизмененных биомолекул и их геохимических дери¬ватов).
Основные типы химических превращений в зонах седименто- и диагенеза способствуют сохранению углеродного скелета ис¬ходных биомолекул [149].