Не у всех гомологичных признаков так велико сходство в строении и функциях. Некоторые гомологии в отсутствие данных по онтогенезу и/или ископаемым формам распознать практически невозможно. Один из самых поразительных примеров- слуховые косточки млекопитающих (см. гл. 17). У рептилий лишь одна такая структура - стремя, у млекопитающих их целых три. Остальные две-молоточек и наковальня-гомологичны костям, образующим челюстной сустав рептилий-сочленовной и квадратной. Эта гомология была впервые установлена в результате наблюдений за изменением положения и функций черепных структур зародышей современных млекопитающих, а позднее подтверждена переходными от рептилий к млекопитающим ископаемыми формами.
Встречаются не только сильно различающиеся по строению и назначению гомологичные структуры, но и весьма сходные между собой образования, друг другу не гомологичные. Так, у птиц, млекопитающих и некоторых ящериц имеется примерно одинаково устроенная коленная чашечка, отсутствовавшая у предков каждой из перечисленных групп и, несомненно, развивавшаяся у них независимо.
Признаки, сходные по структуре и функциям, но возникшие независимо, а не унаследованные от общего предка, называют конвергентными. Конвергенция часто встречается в группах, приспособившихся к одинаковым местообитаниям или ведущих близкий образ жизни. Так, сходство формы тела у китов, ихтиозавров и мозазавров, имевших различных сухопутных предков, обусловлено вторичной адаптацией к жизни в воде.
Часто выделяют еще один путь эволюции, приводящий к возникновению негомологичных признаков,-параллелизм. Симпсон (Simpson, 1961) проводил следующее различие: конвергенция - это независимое возникновение сходных признаков в двух или более линиях в отсутствие у них общего предка, обусловливающего такое сходство; параллелизм- формирование сходных признаков в двух или более линиях с общим предком на основе его признаков, изменяющихся в одном направлении.
Оба термина бывают полезны для описания эволюционных процессов, однако на практике их различить трудно.