Хенниг уточнил, что она должна включать предковый вид и всех его потомков. Определение это кажется вполне логичным, однако большинство систематиков пользовались прежде иным, не настаивая на последнем уточнении. Хенниг предложил называть парафилетическими группы, имеющие общего предка, но не включающие все происшедшие от него линии. Кладисты, как правило, не одобряют выделения таких групп. Паттерсон (Patterson, 1981, 1982) считает их неестественными, своего рода браком в работе систематиков.
Прежние определения монофилии включали как парафилетические, так и монофилетические (в понимании кладистов) группы. Чтобы избавиться от сложностей, связанных с двусмысленным употреблением термина, предложен (Ashlock, 1971) термин голофилия. обозначающий монофилию в строгом, хенниговском, понимании. К сожалению, он так и не стал общеупотребительным, и большинство кладистов продолжают называть монофилетическими группы, не являющиеся парафилетическими. В этой книге термин «монофилия» относится только к происхождению группы без учета всех потомков общего предка.
Парафилетические группы нельзя выделить на основе строгого кладистического подхода, поскольку у них нет уникальных производных признаков, а те, что присутствуют, являются общими с их потомками. Наиболее яркий пример такой группы- класс пресмыкающихся. Рептилии, птицы и млекопитающие в совокупности составляют голофилети- ческую группу амниот, но самих пресмыкающихся можно выделить только по отсутствию у них признаков, характерных для птиц и млекопитающих.
Классы амфибий, костных рыб и бесчелюстных (включая вымершие формы) также представляют собой парафилетические группы. Древнейшие их представители слишком плохо известны в ископаемом виде, чтобы выделять голофилетические таксоны. Особенно остро эта проблема стоит в случае первых четвероногих.
Проблему парафилии можно более пристально рассмотреть на других таксономических уровнях начиная с вида. В ранних работах Хеннига (Hennig, 1966) и других кладистов (например, Bonde, 1975) проводилась мысль о том, что всякий раз при появлении нового вида родительский вид вымирает.