Пытаясь описать конкретные взаимоотношения между группами, параллелизм можно считать частным случаем более широко понимаемой конвергенции, в качестве синонима которой нередко используют термин гомоплазия. Основная проблема при установлении родства связана с различением гомологичных и конвергентных признаков. Доказать гомологию какого-то элемента, присутствующего в двух группах, можно только изучив их непосредственного общего предка. Если удастся его выявить и обнаружить у него данный признак, речь идет о гомологии. Если этот предок установлен по другим критериям и данного признака лишен, можно говорить о конвергентной эволюции. Если же общий предок неизвестен, конвергенцию иногда можно показать, зная непосредственного предка каждой из групп. Гомологию таким способом продемонстрировать не удастся.
Что касается структур, способных сохраняться в ископаемом состоянии, то при выявлении их гомологии палеонтологическая летопись остается последней инстанцией, но она почти ничего не может сказать по поводу анатомии мягких тканей и физиологии. Даже у групп, хорошо представленных в ископаемом состоянии, предки известны нам далеко не всегда, и о них вряд ли можно было бы узнать, не будь иных источников данных относительно возможных гомологий разных структур.
Чтобы отличить гомологичные признаки от конвергентных, можно использовать и иные пути. Все они основаны на допущениях. Если наблюдается сходство между сложными структурами или процессами, статистически маловероятно, чтобы они возникли вследствие конвергенции. У двух высших таксонов позвоночных - Agnatha (бесчелюстные) и Gnathostomata (челюстноротые) - очевидно принципиальное сходство в строении мозга, черепномозго- вых нервов и связанных с ними сенсорных органов. Даже не зная общего предка всех позвоночных, можно без колебаний предполагать, что ему были свойственны примерно такие же черты. Аналогичным образом, трудно представить себе появление одинаковых сложных онтогенетических преобразований в группах с разными предковыми признаками.