Начиная с девона в большинстве филогенетических линий чешуи постепенно утонынались, хотя у современных многоперовых и панцирниковых покров, возможно, такой же толстый, как и у примитивных палеонискоидов. Первым тенденцию к исчезновению проявляет средний (дентиновый и вас- кулярный) слой чешуи. У предков костистых рыб наружный слой ганоина также уменьшается и в конечном счете исчезает, однако в хвостовом отделе ранних костистых он еще сохраняется. Этому сопутствует тенденция к изменению формы чешуй от ромбической до округлой, или циклоидной. Преобразования происходят в разных линиях с неодинаковой скоростью, причем некоторые группы даже среди палеонискоидов утрачивают чешуи полностью.
При переходе от хрящевых ганоидов к более поздним неоптеригиям редукция чешуй сопровождается постепенным окостенением тел позвонков. Это может быть связано с изменением способа плавания. Палеонискообразные в целом относительно длиннотелы, что предположительно облегчало угревидный тип локомоции, при котором от головы к хвосту проходят широкие и относительно медленные изгибы. Толстый чешуйный покров, возможно, затруднял резкие или слишком сильные изгибания, поэтому хорда не требовала укрепления для сопротивления мощным сокращениям мышц.
По мере превращения чешуй в тонкие, гибкие элементы тело получило возможность сгибаться гораздо быстрее и сильнее. Возможно, хорда не могла выдержать возросшие растягивающие и сжимающие нагрузки на позвоночный столб. Уже в ранней перми у некоторых лучеперых появляются цилиндрические тела позвонков, но свойственны они только прогрессивным неоптеригиям. В триасе у ранних костистых рыб они лишь начинают формироваться. Окостенение позвонков особенно важно для установления формы скелетных элементов хвоста, которые дают ключ к пониманию эволюции костистых рыб и будут обсуждаться ниже.
Плавники у палеонискоидов покрыты чешуями, сравнимыми с расположенными на туловище, но образующими длинные членистые ряды, называемые покровными плавниковыми лучами.