Естественно поэтому, что палеонтолог, в отличие от неонтолога, вынужден уделять гораздо большее внимание отдельным структурам и анализу их признаков. Успех здесь во многом зависит от того, как будет трактоваться эволюция этих структур и признаков, подразумевая, естественно, что они принадлежат целостным организмам. Таким образом, стратегия палеонтологических исследований неразрывно связана с их методологией, которая определяется как общими установками, так и конкретными материалами.
Общие установки, проблемы и направления морфологических исследований в палеонтологии и неонтологии в целом совпадают. На характер палеонтологических работ влияют в первую очередь принадлежность материала к разным группам организмов (прокариотам, растениям, беспозвоночным и позвоночным животным), его сохранность и цели, которые ставит перед собой исследователь. В разных областях палеонтологической морфологии сложились традиционные пути исследований, отличающиеся методами, подходами и принципами. В палеонтологии и неонтологии позво-ночных, например, издавна (со времени Ж. Кювье и особенно после работ В. О. Ковалевского) широко применяют функцио
нально-морфологический анализ. Онто- и филогенетические исследования, использующие для прослеживания структурных преобразований метод тройного параллелизма, выполняют как на позвоночных, так и на многих беспозвоночных (аммоноидеях, кораллах, насекомых и др.), однако они редки в морфологии вымерших растений. По данным применения метода тройного параллелизма (либо двойного — в зависимости от материала) строят эволюци-онные ряды животных организмов. В морфологии некоторых беспозвоночных (например, радиолярий, кораллов, иглокожих) и водорослей (диатомовых, эбридиевых, кокколитофорид и др.) в центре внимания находится симметрия форм. Широко распространено эколого-морфологическое изучение разных групп современных и ископаемых животных (в частности, в энтомологии).
В палеоботанической морфологии, как и в палеоморфологии животных, исследования чаще всего направлены на установление единичных исходных форм, из которых выводится многообразие всех остальных.